[Q]
API を使用してユーザーにアプリケーションロールを割り当てることは可能ですか？
[A]
Microsoft Graph REST API Beta 版の [appRoleAssignments] を利用することで可能です。
（現状の Microsoft Graph REST API v1.0 GA 版では appRoleAssignment 機能が提供されていません。）
また、Azure AD Graph API の [appRoleAssignments] を利用することでも可能です。
■ ご参考：Azure AD Graph API について
https://docs.microsoft.com/ja-jp/azure/active-directory/develop/active-directory-graph-api-quickstart